Ve hře Sub Destroyer budete ovládat loď, se kterou budete na moři provádět hlídku. Vaším úkolem bude likvidovat ponorky a letadla nepřítele. K tomuto účelu budete mít čtyři druhy zbraní, jimiž jsou výbušné sudy (obyčejný a těžký s vyšší rychlostí ponoru), jadernou nálož, se kterou zničíte vše v okolí a elektromagnetickou vlnu, se kterou nepřátele pouze zpomalíte. Střílet můžete rovněž z protiletadlového kanónu po letadlech a vrtulnících.

Za každou zničenou ponorku či letadlo dostanete pár penízků. Tyto peníze využijete při nákupu zbraní, kdy si budete muset vše dokupovat, tedy jednotlivé sudy , jadernou nálož i EMP bombu. Koupit si můžete také zrychlení vlastní lodi. Hra končí v momentě, kdy je vaše loď zničena a poté obdržíte závěrečné skóre, které se vám zapíše do tabulky nejlepších hráčů.