Osud lidstva visí na vlásku. Po velké katastrofě je planeta Země neobyvatelná a vlády se chopily stroje. Zbytky přeživších lidí čelí hrozbě vyhynutí. Do takového světa procitá androidka Zoe, která se pokusí misky vah naklonit na stranu lidí. Se svým parťákem, malým poletujícím droidem Kobym, sestupuje do obřího podzemního komplexu, jehož tajemství musí odhalit.

Steel Seed je akční hra z pohledu třetí osoby, která kombinuje stealth pasáže s parkúrovým platformingem. Ačkoliv je hrdinka vybavená mečem, proti přesile robotických nepřátel nemá příliš šanci, proto musí použít kradmý postup, přepadávání ze zálohy a terén ve svůj prospěch. Kobyho role není jen být užitečný rádce a společník v jinak osamocené cestě, ale umí pomoct v boji i během překonávání nástrah. Koby dokáže skenovat prostředí, střílet po nepřátelích nebo vypouštět různá lákadla nebo miny. Oba společníci se v průběhu kampaně postupně vylepšují a navyšují tak své šance proti robotům.