Ve hře pilotujete vesmírnou stíhačku, se kterou máte za úkol sbírat krystaly, ze kterých budete tvořit bomby. Cílem je střílet do prolétajících asteroidů, abyste získali co nejvíce krystalů k výrobě bomb. Za účelem postavení bytosti Sinistar, která chce zničit celý vesmír, sbírají krystaly budovatelské lodě. Lodě jsou vyobrazeny červeně a neútočí na vás, ale mohou vám sebrat krystal, který vystřílíte z asteroidu. V momentě, kdy je Sinistar dokončen, začne vás pronásledovat a vy musíte za sebe odhazovat bomby a odpalovat je, abyste ho zničili. Pokud nemáte dostatek bomb, budete Sinistarem zničeni, v opačném případě vyhrajete. Po vítězství můžete hru opakovat, ale bude mnohem těžší zvítězit. Dělníci mohou během bitvy Sinistar opravovat, což zvyšuje náročnost bojů.

Ve hře je několik sektorů, do kterých se postupně dostáváte svými vítězstvími. Na začátku začínáte v Prvním sektoru, načež se postupně dostanete do sektorů nazvaných Pracovní zóna, Válečnická zóna, Planetoidní zóna a Prázdná zóna. Následně se zóny cyklicky po jejich projetí opakují. Každá zóna je zaměřená na něco jiného a je jinak obtížná. Například prázdná zóna se vyznačuje menším počtem asteroidů.