Tři mladí nájemní dobrodruzi Arthur, Melody a Forte dostali od krále za úkol zajmout odpadlého ninju Rodiho. Pronásledování je zavede do blízkých dolů, kde se při střetu s Rodim propadne stropem neznámá loď a všechny smrtelně zraní. Naši hrdinové jsou zapleteni do vysoké hry dobra a zla. Forteho posedne temný duch a zmizí. Zbývající trio je uzdraveno, nicméně jsou k sobě svázáni vlastním životem a musí začít spolupracovat a zabránit příchodu doby temna.

Japonské RPG Shining the Holy Ark má, jako součást rozsáhlé Shining série, nejblíže k Shining in the Darkness. Grafika je 3D a průzkum vedete z pohledu vlastních očí, včetně měst. Do tahových soubojů se dostáváte náhodně při pohybu v nepřátelské oblasti. Postavy sílí pomocí zkušeností a lepšího vybavení. Na vašich cestách také sbíráte víly, které mohou útočit ještě před prvním kolem boje, pokud správně zareagujete klávesou na směr, z jakého vás monstra napadla.

Shining the Holy Ark vyšel v Japonsku na konci roku 1996.