Cypress a Guardiana jsou ve válce s národem zlého boha Iom. V nepřítomnosti prince Nicka nepřátelská jednotka ukradne královský meč. Hráč sleduje události kolem mladého vojáka Deanna, okolnosti ho natlačily do vůdcovské pozice a byl pověřen pronásledovat zloděje a získat meč zpět. Věci pro něj komplikuje i prohlubující vztah s kouzelnicí Natashou.

Shining Force: The Sword of Hajya je taktické jRPG navazující na Shining Force Gaiden. Většinu času strávíte ve shora viděných tahových soubojích. Jednotky se pohybují po čterečkovém bojišti a když dojde na útok, proběhne přiblížená animace a vyhodnocení. Jednotky nabírají zkušenosti úspěšnými útoky, stejně tak používáním podpůrných kouzel. Mezi boji se posouváte v příběhu krátkými cutscénami a dojde i na údržbu jednotek a jejich vybavení.

Hra se společně s prvním dílem dočkala remaku Shining Force CD a pokračování Shining Force Gaiden: Final Conflict.