Děj hry Seers Isle je zasazený do o fantasy prvky obohaceného středověkého severu Evropy a točí se okolo šestice šamanových učedníků, kteří se vylodili na zdánlivě liduprázdném ostrově hledajíc Posvátný oheň – magickou energii, propůjčující lidem dar věštby a léčení. Jak adepti pronikají do středu izolovaného ostrova, podstupují zkoušky, pokoušejí se najít duchovní průvodce a přitom postupně zjišťují, že zdejší místo není tak úplně opuštěné.

Dalším protagonistou a zároveň i vyprávěčem příběhu je Rowan, duch dívky lapený a uvězněný na ostrově, která s adepty komunikuje pomocí snů. Vyprávění je vedeno prostřednictvím statických, ručně kreslených obrázků a dialogů mezi postavami zobrazovaných přes komiksové bubliny s textem. Čím dál příběh postupuje, tím víc se hráč dozvídá o historii ostrova, tak o charakterově odlišných postavách a jejich minulosti. Během toho hra přepíná mezi protagonisty a hráč pomocí voleb ovlivňuje další dění a vztahy mezi hrdiny. Seers Isle obsahuje několik různých konců, kterých lze dosáhnout na základě vlastních rozhodnutí.