Vizuální román Schwarzesmarken se odehrává ve stejném světě jako Muv-Luv Alternative, avšak o několik let dříve. Píše se rok 1983, Východní Německo je pod útokem BETA a piloti TSF jsou tak pod neustálým tlakem. V této době existuje jednotka pilotů TSF známá jako jednotka 666, která patří k tomu nejlepšímu, co Východní Německo nabízí. K této jednotce patří i Theodor Eberbach, který nikomu nedůvěřuje, jelikož ví, že všude kolem něj můžou být špehové STASI, kteří tvrdí, že chrání Východní Německo před zrádci. Jednou při misi naráží Theodor na dívku jménem Katia Waldheim, která se chce do jednotky 666 přidat, aby zjistila, co se stalo s jejím otcem, který se snažil Východní a Západní Německo spojit.

Hra je rozdělena na dvě části. V první části zvané Schwarzesmarken: Kouketsu no Monshou se člověk seznamuje s postavami a celkově příběhem. Příběh pak zakončuje druhá část zvaná Schwarzesmarken: Junkyousha-tachi, která má několik konců a tři romantické možnosti.