Pokémon Picross je logická hra, kde se známé kapesní příšerky chytají na sérii nezvyklým způsobem - řešením nonogramů / malovaných křížovek. Každého získaného pokémona poté lze použít při chytání dalších, jelikož každý přináší specifický bonus dle své kategorie. Někteří pokémoni tak mohou pomoci zpomalením či pozastavením času, vyplněním několika políček nonogramu apod. 

Krom získávání nových příšerek je ve hře důležité také sbírat zvláštní body, za něž si hráč otevře přístup do nových oblastí s pokémony nebo si třeba zakoupí možnost dostat se k tzv. mega-evolucím (nejvyšším vývojovým fázím některých pokémonů). Tyto body lze získat splněním zvláštních podmínek u každého nonogramu, plněním denních výzev a jednou z možností je i jejich zakoupení za skutečné peníze.