Hlavním hrdinou hry je nájemný vrah Charon, který ztratil paměť. Jeho služby si vyžádá jistý záhadný zákazník jménem Ul D-Grak z planety Kar-Naq. Charon se za ním vydává zjistit více o své misi.

Perfect Assassin je sci-fi point and click adventura s občasnou akcí. Většinu hratelnosti vyplňují logické hádanky a rozhovory, ve kterých je možné volit mezi třemi styly konverzace - přátelský, neutrální a agresivní. Volba správného postoje je při některých rozhovorech klíčová pro další postup. Akce probíhá přepnutím do bojového režimu (tasením zbraně), kde se z ukazatele myši stává zaměřovač.

Hlavní postava se pohybuje 3D prostředím a je sledovaná skrze 3rd person kameru, která plynule přechází mezi několika statickými pozicemi v závislosti na hráčově pohybu. Postavy a většina objektů jsou 2D sprity.