Druhý díl ze série Ultimate Ninja se odehrává od finále chuninské zkoušky až po zvolení pátého Hokageho. V příběhovém režimu, nazvaném Ultimate Road se budete moci pohybovat po Skryté Listové vesnici a také po městě Tanzaku. Ve městech budete za peníze moci nakoupit různá vylepšení nebo sběratelské předměty (hudba, sošky...) a nalézt budete moci bonusové mise, za které získáte zkušenosti a již zmíněné peníze. Oproti hlavním misím v příběhu se bonusové mise liší nějakým speciálním úkolem, kdy musíte například vydržet bojovat po určitou dobu nebo předvést určitá komba. Po dokončení příběhu se odemkne bonusový příběh za Tsunade.

Součástí hry jsou kromě hlavního příběhu i samostatné souboje, kdy si navolíte postavy, se kterými chcete zápasit. Novými postavami jsou například Shino, Tenten, Orochimaru nebo Jiraiya. Souboje můžete bojovat buď proti umělé inteligenci, kdy si volíte její obtížnost nebo si můžete připojit druhý ovladač a vyzvat například svého kamaráda nebo člena rodiny. Součástí hry je také Irukův trénink, ve kterém si můžete zvolit jakoukoliv ze 32 postav a trénovat její pohyby a zkoušet si její komba.

V Japonsku vyšla hra již v roce 2004 a do Severní Ameriky a Evropy se dostala až roku 2007.