Třetí díl série Ultimate Ninja Storm s názvem Generations se tentokrát odklání od hlavní příběhové linky anime série a věnuje se příběhům různých postav napříč generacemi.

Příběhový režim se tak skládá z 11 samostatných příběhů od těch známějších věnující se např. Narutovi nebo Sasukem přes po méně známější až po zcela nové jako třeba příběh Kakashiho z dob Třetí velké ninja války nebo příběh Uchihy Madary. Příběhový režim se však pojetím vrací k prvnímu Ultimate Ninja Stormu, tudíž absentuje adventurní část a jedná se o sérii navazujících bitev oddělených filmečky, které vypráví a posouvají příběh kupředu.

Soubojový systém vychází z Ultimate Ninja Storm 2 a nadále jej upravuje a doplňuje o nové prvky jako např. možnost přerušení útoků, rozsáhlejší pohybové schopnosti aj.

Kromě příběhového režimu dále nabízí hra klasický Free Battle známý z předchozích dílů s možností bitev proti AI nebo druhému hráči na téže konzoli. K dispozici je tentokráte 72 hratelných postav a 15 podpůrných, zahrnující postavy jak z první části série tak i Shippuden. Přítomny jsou také režimy Tournament, Survival a i Online, všechny v plné šíři jako v druhém díle.