Mushroom Wars je realtimová strategie s houbičkama, v níž hráči v roli generála armády houbiček bojují proti ostatním kmenům. Na mapě je rozmístěno několik budov, které jdou různě vylepšovat a mají různý účel. Některé jsou obsazené, některé prázdné. Úkolem hráče je obsadit všechny budovy, vylepšit je a ubránit se útokům nepřítele. Po obsazení všech budov se postupuje do další mapy, která je zase o něco komplikovanější - více budov, jinak rozmístěné strategické budovy, úzké průchody a mosty.

Hra se skládá z kampaně, kde hráči bojují proti dalším národům řízeným počítačem a plní různé cíle. Nechybí ani Skirmish mód se samostatnými mapami pro jednoho hráče a multiplayerové klání pro až čtyři hráče zahrnující módy jako King of the hill, Domination nebo Capture. Hra se vyznačuje kreslenou pestrobarevnou grafikou i přístupnosti pro nováčky díky třem nastavitelným stupňům obtížnosti.