Moonlight Pulse je krátká 2D metroidvania zasazená do neobvyklého prostředí, konkrétně do útrob obří kosmické želvy zvané Aorasque. Stvoření je pod útokem hladových mezigalaktických parazitů, kteří vnikli do želvích orgánů a způsobují tam paseku. Naděje na obnovení zdraví spočívá ve čtveřici agentů schopných vypořádat se s nezvanými parazity.

Hráč se postupně chopí čtyř postav, mezi nimiž si může libovolně přepínat a využívat jejich předností. Každý z agentů má svoji sadu pohybových a bojových schopností, která se během průchodu rozrůstá a mimo jiné umožňuje navštěvovat nové lokace. Mapa světa zase představuje živoucí organismus, rozdělený na biomy představující různé části těla, např. nervový systém s elektrickými výboji či žaludeční trakt plný kyselých šťáv. Jednotlivé části jsou propojené systémem žil s tekutinou, sloužících jako rychlý přeson napříč celou mapou. V každé části na hrdiny čekají unikátní nepřátelé a překážky, s nimiž se musí vypořádat.