Mark of the Deep je dobrodružná hra s izometrickou kamerou, která hráče vezme do prostředí inspirovaném pirátskými příběhy a bajkami. Odehrává se na legendami opředeném ostrově, kde havaruje pirátská loď, následkem čehož posádka uvízne na místě, které je zdá se prokleté. Členové posádky zmizeli a je na mladém zelenáči Marcusovi “Rookie” Ramseyovi, aby je uvnitř ostrova našel.

Hráč během hledání posádky a způsobu, jak zlomit prokletí prozkoumává mapu, ukrývající jak nebezpečí v podobě stvůr z hlubin, kultistů a nemrtvých, tak různé poklady a další postavy, z nichž některé mohou být novými spojenci. Hrdina začíná ozbrojen rybářským hákem, postupně získává nové vybavení, zbraně a schopnosti jako např. přitahovací hák, které mu pomohou nejen v bojích, ale i při exploraci a dostávání se do míst, které byla předtím uzamčena.