Princezna Peach se ztratila po cestě strojem času. Bratrská dvojice hrdinných instalatérů Mario a Luigi tudíž neváhá a vydává se na záchrannou misi do minulosti. Po příjezdu ale bratři zjišťují, že Houbové království minulosti bylo ovládnuté mimozemskými vetřelci rasy Shroobs. Na bratry tak připadá úkol království osvobodit, s čímž jim pomůžou jejich mladší já...

Partners in Time je pokračování RPG Mario & Luigi: Superstar Saga, kterému se co se týče hratelnosti ve všech zásadních směrech podobá. Opět se jedná o tahové RPG, které do klasických soubojů zakomponovává QTE (quick-time event) prvky, při jejichž splnění nabírají vaše útoky na síle či účinku. K Mariovi a Luigimu se tentokrát přidávají jejich batolecí verze, které disponují unikátními schopnostmi, použitelnými v boji i k řešení hádanek.

Série Mario & Luigi pokračovala dílem s podtitulem Bowser's Inside Story.