Nadpřirozené bytosti nedají pokoj a stále zamořují svatyni Hakurei. Kněžka Reimu míří k jezeru v horách, aby našla zdroj problémů. Stejný nápad má mladá čarodějka Marisa a brzy se jejich cesty spojí. Kam hrdinky zavede průchod pod jezerem?

Lotus Land Story je vertikální danmaku a čtvrtý díl série Touhou. Ve shora viděném prostředí střílíte nalétávající nepřátele a uhýbáte jejich útokům. Každý level obsahuje část s řadovými nepřáteli a část s bossem. Můžete vybírat ze dvou hrdinek, lišících se stylem primárního útoku, Reimu kropí s větším rozptylem a Marisa soustředěnou palbou, a typem bomby. Najdete zde spoustu mechanik, které jsou později hojně využívány napříč sérií: zpomalování pohybu focus módem, počítání graze a deathbomby (pokud jste zasaženi, máte pár okamžiků se vrátit do hry pomocí bomby). Hra vyšla pouze v japonštině.