Vžijete se do čerstvého studenta akademie Fujisawa, vtrženého do změti místních záhad. Podivnosti všeho druhu se snaží prošetřit místní klub okultismu čítající pouze dva členy, hrom do police Nanami a počestnou prezidentku klubu Wakabu. Jako nový student ovšem rychle zjišťujete, že snad každý v akademii má svoje tajemství. Naštěstí máte po boku liščího ducha Mon-chan, který vám propůjčuje schopnost otevírání mysli druhých.

Kotodama: The 7 Mysteries of Fujisawa je vizuální novela s lechtivou logickou mezihrou, kde odebíráte barevné kameny z hrací plochy, aby se tvořily trojice stejných kamenů. Textová část hry je běžné sledování/odklikávání textu za doprovodu reakcí postav a také občasné volby co dál, abyste se dobrali k jednomu z možných konců.