Hlavní hrdinka, Toomi Yuna, studuje na dívčí obchodní akademii Kokonotsuboshi. Jednoho dne je při obědě na střeše vyrušena párem duchů - Enoki Sachi, která zahynula při neštěstí před válkou, a Nagatani Megumi, která podlehla nemoci před třiceti lety. Tyto spřízněné duše se do sebe po smrti zamilovaly, nevědí však, jak svou lásku stvrdit, a proto nemohou odejít na onen svět. Pověří tedy Yunu, aby se stala dohazovačkou a dala dohromady některé ze svých spolužaček, a ony se tak mohly poučit a posunout svůj vztah na další úroveň.

Kindred Spirits on the Roof je japonská vizuální novela žánru yuri, jenž se zaměřuje na romantické a sexuální vztahy mezi dívkami. Na rozdíl od žánru hentai, který je primárně určen pro naplnění sexuálních představ pánského publika, je yuri realističtější a klade důraz především na emocionální stránky vztahu, a je tedy vhodnější spíše pro lesbické a bisexuální dívky. Hra obsahuje i explicitní scény, ale ty tvoří jen velmi malou část příběhu.