V roce 2234 startuje kosmický koráb s kolonisty ze Země na palubě směrem k neznámým světům hvězdného systému Hydra. Zde se Arche Noah setkává s nepřáteli, které lidé začali nazývat zelenými ďábly z Hydry. Nemilosrdné útoky, jimž jsou kolonisté vystaveni, dosáhli svého cíle a lidé jsou již na konci svých sil. Jedna z posledních přeživších žen se však nehodlá smířit s osudem a své malé dítě přenechává s provizorním vybavením nástrahám krutého vesmíru. Dítě se rychle naučí všemu, co potřebuje pro přežití, ba dokonce ještě více. Brzy se Killer Baby vydává i za hranice systému Hydra, kde ničí vše, co se mu postaví do cesty...

Killer Baby je jednoduchá shoot'em up akce odehrávající se ve vesmírném prostoru. Uprostřed obrazovky usazené batole s dýchacím přístrojem na zádech, přilbou na hlavě a se zbraní v ruce si pluje vesmírem a likviduje vše, co se objeví v jeho okolí. Cílem každé úrovně je zničit všechny nepřátele, kteří se postupně vynořují ze všech stran obrazovky. Zničením vesmírných stanic jde získat zdroje a power-upy, doplnit kyslík a munici a vylepšit zbraně.