Rok po porážce Metal Headů a Barona Praxise zuří v Heaven City občanská válka. Jak byl neprávem obviněn za nepokoje a vykázán do pouště. Život mu zachránil Damas, král pouštního města přezdívaného Spargus. Jak musí splnit úkoly aby si zasloužil své místo ve Spargusu. Brzy však přicházejí noví nepřátelé z vesmíru zvaní Dark Makers, kteří se spojili s Jakovým starým nepřítelem a pravou rukou Barona Praxise – Erolem.

Třetí díl série Jak se od předchozího (Jak II: Renegade) příliš neliší. Hra obsahuje nová vozidla, možnost vylepšit si zbraně a novou formu Light Jak, která umožňuje dočasně létat a pozastavit čas. V otevřeném světě je možné cestovat pouští, prozkoumat nové město Spargus a omezenou část Haven City z předchozího dílu.