V roce 2038 je Země okupována technologicky vyspělou mimozemskou rasou a poslední záchranou před agresory může být tajný vládní program zvaný HYPERGUN. Byla vytvořena velmi pokročilá simulace, prostřednictvím které se metodou pokus omyl lidé snaží z komponent poskládat ultimátní zbraň proti cizím okupantům. Hráč se ujme firemního praktikanta Deweyho Owense, jež o víkendovém volnu vnikne do budov DevTechu tuto simulaci vyzkoušet a kdoví, třeba se mu povede přes víkend zachránit celé lidstvo.

HYPERGUN je zástupce rychlých roguelite 3D stříleček z vlastního pohledu, ve kterých je třeba v procedurálně generovaných úrovních prostřílet vlnami nepřátel až do finále. Každá úroveň obsahuje závěrečného bosse a po smrti se hráč vrátí na začátek hry. Hráč začíná se základní puškou a v průběhu hry do ní sbírá moduly a komponenty, s jejichž pomocí si zbraň modifikuje a mění tak její charakteristiky. Dále je možno si postupně odemknout nové specializace a zlepšovat si vlastnosti postavy, jako například rychlost nebo odolnost. V přestávkách mezi bojovými simulacemi se coby hlavní hrdina můžete procházet po kancelářích DevTechu a krom prozkoumávání prostor si číst si poznámky a vzkazy nepřítomných kolegů.