Herkulův bratr Áres společně s Herkulovou nevlastní matkou Herou vymyslel plán, jak svrhnout Dia z trůnu. Herkulův otec Zeus záhadně zmizí a v říši bohů zavládne zmatek. Velké množství bohů se skryje mezi smrtelníky, jelikož neznají skutečnou podstatu všech zmatků, které se momentálně dějí. Herkules společně se svými přáteli Iolaem a Serenou vyrážejí najít Dia a překazit Áreův plán.

Vy se ujmete role Herkula, se kterým musíte zachránit jak svět smrtelníků, tak i bohů. S Herkulem budete cestovat po světě a budete čelit řadě nepřátel ve službách bohů Área a Héry. Herkules je dobrý v boji na blízko, ale může házet i kameny. Iolaus je zase více mrštný a dostane se do míst, kam Herkules nemůže. Serena je zase výborná pro souboje na dálku. Postupně navštívíte dvanáct lokací a pět arén.