Theo Kavinsky se probouzí z pětitýdenního kómatu a nachází Cortex v troskách. Theo je zmatený a netuší, co se stalo a v jeho hlavě probíhá souboj dvou hlasů, které se mu snaží pomoci, ale zároveň jsou soupeři. Ted je jedním z hlasů a je ředitelem Cortexu, tedy racionálního a inteligentního hlasu v Theově hlavě. Druhým hlasem v Theově hlavě je Teddy, což je prvotní a emociální hlas. Aby uspěli ve svém snažení, budou muset překonat své nepřátelství a spojit své síly, aby Theovi pomohli. 

Hra je koncipována jako kombinace FMV a 2D adventury. Ve hře povedete rozvětvené dialogy, které mohou změnit výsledek následných interakcí. Postupně budete muset, vydělávat měnu zvanou Neuros, která pomůže obnovit Theův mozek. Neuros vyměňujete za nové pracovníky, kteří se ujmou renovace mozku. Rovněž se pokusíte získat vzpomínky na noc, během které došlo k Theově nehodě, po které skončil v kómatu.