Godzilla 2: War of the Monsters je ťahová stratégia, kde sa hráč sa zhostí úlohy veliteľa japonských ozbrojených síl. Tie musia čeliť náporu samotnej Godzilly ako aj iných rozmanitých príšer ako King Ghidorah alebo Mothra. Titul je rozdelený do dvanástich úrovní, ktoré je možné hrať nezávisle od seba.

Na mape sveta je možné sledovať presun nepriateľských jednotiek ako aj zadávať "výrobu" či presuny tých vlastných. Pokiaľ dôjde k nepriateľskému stretu, hra sa prepne do režimu podobnému výhernému automatu, v ktorom sa vyberie typ zbrane a následne sa spustí losovací stroj. Účinnosť útoku závisí od správne nalosovanej kombinácie, pričom útoky prebiehajú opäť na kolá. Misia je úspešné splnená v okamihu zničenia poslednej príšery.