V pokračování izometrického RPG Geneforge znovu navštěvujeme Shapera, učně tajemstvím zahaleného cechu, který se naučil používat magii natolik, že poznal tajemství života, a umí stvořit život a oživit mrtvé. Shaper je se svým učitelem vyslán splnit jednoduchý úkol. Do jejich vztahu ale zasáhne zrada a učitel zmizí. Shaper musí přežít; kdo byl spojencem, je nyní nepřítelem, nepřátelé zůstali stále nepřátelští a skupiny mutantů se potulují krajinou. Shaper si vytvoří vlastní hordu poslušných monster, aby s jejich pomocí dokončil úkol.

Geneforge 2 se odehrává v otevřeném a rozsáhlém světě, kde si hráč může vybrat, ke které frakci se připojí, nebo zda zůstane sám se svojí armádou. Mnoho charakterů ho žádá o pomoc a je jenom na něm, zda pomůže lidem, mutantům, nebo jiným rasám. Hráč sám rozhoduje i o tom, zda použije v jednání spíše sílu, nebo diplomacii. Obrovský svět a množství questů umožňuje dosáhnout desítek možných zakončení celého příběhu.