V budoucnosti, když Země začala být sotva obyvatelná, se lidstvo rozptýlilo dál do vesmíru a začaly vznikat vesmírné stanice. Planeta Charon se stala díky uznávanému profesorovi Toujou centrem výzkumu a kultury. Aspoň do doby než zmizel a na scéně se objevila záhadná organizace Giras. Profesorova neteř Lisa se pokusila pokračovat ve výzkumu, ale Giras ji unesl. Kamarádi Lisy, Kyouhei a Kamui, jsou asi jediní, kdo mohou Lisu zachránit a rozhodnou se zaútočit vojenskou silou na pevnost Girasu.

Foxy 2 je stejně jako předchůdce jednoduchá tahová strategie s erotickou vložkou, silně inspirovaná Famicom Wars. Na shora viděných čtverečkovaných mapách se setkávají dvě armády. Postupně ovládáte své oddíly a snažíte se eliminovat ty nepřátelské. Po tom co odehrajete se všemi svěřenci tah, hraje soupeř. Provedete-li útok, proběhne přiblížená animace a obě strany přichází o členy svých oddílů. Jednotky mají různý dostřel, pohyb a další silné/slabé stránky, jaké je třeba využívat. Roli hraje i terén a dává jednotkám výhody do obrany a pohybu. Příběh je vyprávěn cutscénami mezi misemi a občas dojde k nějaké nemravnosti.