Ecco Jr. je prequelem delfína Ecca, která se odehrává v jeho dětství. Ecco se vydává hledat legendární modrou velrybu společně se svými přáteli velrybou Tarou a delfínem Kitneyem. Hra obsahuje řadu naučných faktů o delfínech a je spíše určena pro mladší hráče, což se projevuje i na snížené obtížnosti. 

Ve hře budete řešit řadu výzev, které se obejdou bez boje a spíše potrápí vaše mozkové závity. Budete muset využít schopností postav například k lokalizaci zvířat, nahánění mořských koníků, plavání mezi kroužky nebo lokalizaci glyfů. Po dokončení hlavních úkolů je nutné najít velký glyf, který značí konec úrovně. Celkem hra nabízí 18 úrovní.