Multimilionář Ernest Savage, boss zločinecké organice R.A.T., která v podstatě ovládá dění na Zemi, je po tuhých bojích zabit. V srdci podzemních organizací, jejichž spojenými silami syndikát utrpěl tuto krutou ránu, to však začíná vřít. Někdo se pokouší ovládnout zbytky R.A.T.u, ale vychází najevo, že chapadla Savageovy moci jsou mnohem nebezpečnější, nežli se původně zdálo. Jeden z nejzkušenějších agentů organizace X je nyní vyslán, aby zjednal pořádek.

Děj této strategie pokračuje v příběhu předchozí části Dunkle Manöver (1998), a vaším úkolem je nyní definitivně rozdrtit nebezpečný syndikát. Hra pracuje s totožnými ingrediencemi jako její předchůdce a obsahuje 20 nových misí odehrávajících se ve 4 světových oblastech. K dispozici je 25 jednotek, řada zbraní a předmětů, které je možné různě vylepšovat a modifikovat.