V Dr. Rudy musíte zničit všechny viry v každé úrovni, abyste se mohli přesunout na další. Pomocí tlačítek se šipkami otáčíte a přesouváte pilulky tak, aby se stohovaly dle barev. Jakmile dáte vedle sebe čtyři různé barvy, zmizí spolu se všemi přidruženými viry. Existuje celkově 16 úrovní.
Hra se inspiruje ze hry Dr. Mario, nebo spíše, je mu až nápadně podobná. Systém hraní zůstal stejný, stejně tak i ničení bacilů pomocí pilulek. Levelům lze zvýšit obtížnost přidáním více bacilů nebo zvýšením rychlosti dopadu pilulek. Hra je určena pro systém DOS, ale lze ji bez problémů spustit i pod windows.