V izometrické metroidvanii Crypt Custodian hrajeme za kocoura Pluta, který zemřel po srážce s autem. Jeho duše je tak přenesena do posmrtného paláce, kde jej probudí Pip, asistent Kendry, jež je vládcem posmrtného světa. Pip vysvětlí Plutovi jak to zde chodí a po krátkém prozkoumání okolí, které zahrnuje hledání koštěte, konečně kocour vstoupí do paláce a stane před Kendrou. Setkání je to poněkud nešťastné, Pluto prožil život jako hodný kocourek u milujícího páru, přesto jej nečeká vstup do útrob paláce, kde by jej čekala nekonečná blaženost. Naopak je kvůli jisté patálii poslán navěky uklízet ven z paláce, do pozemků, kde se to hemží nestvůrami.

S Plutem tak popadneme koště a v rozlehlém světě ničíme nestvůry, řešíme hádanky, bojujeme s bossy a také mluvíme s dalšími kočičími duchy, které často se svým vyhnanstvím také nesouhlasí a hodlají s tím něco dělat. Jak hráč postupuje hrou, získává různá vylepšení schopností a výbavy, které nám pomohou v boji, pohybu nebo otevřou cestu do nových lokací.