Eden, struktura ve vesmíru, kterou vytvořily stroje, se v Edenu snaží Obnovit lidstvo, které zaniklo. Důvodem zániku lidstva je zvláštní nákaza, která zapříčinila smrt Leben Destel. Leben se po své smrti a zániku lidstva, probouzí a ocitá na Edenu jako mechanická dívka. Enoa která probudila Leben, má záznam o tom, že je Leben vyvolená, a proto jí přivedla zpět jako mechanickou dívku, která musí být nějakým způsobem důležitá pro Eden. Leben se na své cestě bude muset stát “Skutečným člověkem” aby jí ostatní stroje na Edenu uznali, a také se bude snažit zjistit více o své minulosti. Doprovázet jí nebude jenom Enoa, ale i Mikoto Sengiku a Ami Shido.

Hrát budete za Leben, Mikoto, a Ami. Každá postava používá jinačí typ zbraně, na blízko a na dálku, díky tomu je hratelnost za postavy odlišná. Hráč může na nepřátele útočit normálními útoky, nebo silnějšími útoky, a taktéž se nepřátelům vyhýbat. Každý úhyb, který je perfektní, aktivuje chvilkovou Abilitu a pro každou postavu se liší. Mikoto se dokáže zrychlit po každém perfektním úhybu, nepřátele tedy působí, že jsou zpomaleni a hráč má tedy výhodu nad nepřítelem. Ami se dokáže teleportovat za nepřítelem, a tudíž má bojovou převahu. Na bojišti nebudete sami a kolem vašich ramen budou poletovat pomocné zbraně. Ty mají různé varianty, mohou sloužit útočně, tak i pro obranu postavy. Hráč tedy může mít na levém a pravém rameni poletující pomocné zbraně a měnit jejich vlastnosti podle strategického uvážení.

Hra není pouze o soubojích ale i o odpočinku a komunikaci s děvčaty. Pro to slouží virtuální Hub, který vytvořila Enoa. V tom hráč bude muset absolvovat povinné a nepovinné konverzace, které jsou jako “Čajové Dýchánky” kde se hráč dozví o minulosti postav a o herním světě. V Hubu si hráč může poslechnout samotnou herní hudbu, nebo pročíst si různé zápisky, které můžou ukrývat souřadnice do nepovinných Dungeonu a více napovědět o herním světě. Hub taktéž slouží pro vylepšování postav a jejich statistik či jako vstup do hlavních Dungeonu.