Po úspěšném úniku před Creeperem, v prvním díle, lidé z Odinova města kolonizovali několik planet a přešli do protiútoku s cílem očistit další světy a (když to dobře půjde) i celou galaxii. Hráč se zhostí role Daxe Jovena, velitele tzv. Liberation ship a vydá se na cestu po mnoha světech obsazených Creeperem.

V každé z 20 příběhových a 10 bonusových misích je nutné zlikvidovat všechen Creeper včetně jeho emitorů. K tomu je nezbytné stavět budovy (například reaktory a relé) a zbraňové systémy.