Cheese Mouse je plošinovkou, ve které budete ovládat bílou myš, která chodí po zadních nohách. Cílem myši je dostat se přes řadu nástrah k vytouženému kolu sýra. Kolo sýra vždy představuje konec úrovně, kdy se postupně podíváte do pěti odlišných oblastí, ve kterých budete hledat sýr. Při své cestě úrovněmi budete muset často použít různé páky či tlačítka k aktivaci pojízdných plošinek či výtahů.

Na myš čekají různé nástrahy v podobě bodáků, ohnivé koule či padající krápníky. Kromě těchto pastí narazíte na své cestě také na řadu potvor, které vás budou chtít sníst. Například můžete narazit na hady, krysy či mumie. Ve vodě, do které s myší můžete v klidu vstoupit a pohybovat se v ní, narazíte na piraně a další nebezpečné ryby. Suchozemské nepřátele můžete zlikvidovat skokem na hlavu, ale proti rybám ve vodě nemáte žádnou zbraň a musíte před nimi utéct.