Boxes: Lost Fragments je podobně jako předchozí Doors: Paradox puzzle hra vycházející z principů únikových her. Tentokrát se, jak naznačuje název, točí okolo skříněk představujících složité hlavolamy, jež je třeba rozlousknout pro postup dále. Hráč se ocitne v kůži proslulého zloděje, jehož poslední zakázka zavede do luxusního sídla, odkud si chce odnést nějaký ten lup. Jenže místo toho se ocitne uzamčený uvnitř místností plné skříněk a kryptickým dopisem naznačujícím, že jsou jeho služby vyžadovány.

Hra se dělí na pět kapitol, kdy každá se odehrává v jiné části domu. V každé kapitole je třeba obdržet token, který lze najít po umístění čtyř fragmentů na určité místo. A fragmenty lze zase získat uvnitř skříněk, jež je nutné otevřít. Skříňkou lze libovolně otáčet, přibližovat její důležité části nebo vytahovat z ní předměty do inventáře a ty si také následně prohlížet. Skříňka je mechanismus, soustava zámků a mini-hádanek, ukrývající často skryté části a malé detaily, důležité pro její prolomení.