Z říše zla ukradne princezna Millian tajný deník, ale sama je přitom zajata. Předtím, než je zajata, podaří se jí pomocí robota dostat informace na Bombermanovo velitelství. Bomberman se vydává za záchrannou princezny, ale musí se postavit Impériu Garaden, které si klade nárok na disky, pomocí nichž chce znovu sestavit svého vůdce Bagulara, jenž byl zničen v Super Bomberman 3.

S Bombermanem navštívíte čtyři světy, jimiž jsou Planeta Bomber, Primus Star, Kanatia Star a Mazone Star. Oproti svému předchůdci Bomberman 64 pro Nintendo 64 je Bomberman více pohyblivější, může skákat a bomby házet do větší dálky. Kromě běžných bomb využijete v soubojích řadu speciálních, jako například ledové bomby, jenž nepřítele zmrazí nebo naváděné bomby, které odpálíte v okamžiku, kdy budete potřebovat.