Píše sa 21. storočie a zlý cisár Garuda sa zmocnil nadvlády nad mestom New York, pričom zabil mnoho jeho obyvateľov. Hráč sa ujíma úlohy jedného z dvoch nindžov (Hayate alebo Kaede), ktorý sa pokúšajú oslobodiť mesto spod nadvlády zlého cisára.

Blue Shadow je typickou skrolovacou akčnou plošinovkou, ktorá pozostáva z behania, útokov mečom a skákania naprieč 5 úrovňami. Každá je z týchto úrovní je rozdelená do 4 podúrovní, v ktorých na hráča číhajú rôznorodé nástrahy v podobe rozmanitých nepriateľov, vrátane bossov.

Ako nindžovia sa Kaede a Hayate vedia okrem skákania prichytiť i na steny a vyšvihnúť medzi plošinkami o úroveň vyššie. V hre je tiež možné občas naraziť aj na krabice z power-upmi. Tie obsahujú rôzne vylepšenia ktoré zahŕňajú zvýšenie dosahu meča alebo vrhacie hviezdice či špeciálny nindžovský hák.

Hru je možné hrať i kooperatívne vo dvojici.