Ve vzdálené budoucnosti má lidstvo velký problém. Jistý šílený vědec stojící v čele armády robotů by rád ovládl celou Zemi a proto pátrá po mystických orbech, které by svému majiteli propůjčily nevídanou moc. Jenže k jednomu z orbu se dostane klučina Kei a změní jej v Berserk Boye, superhrdinu přidávajícího se na stranu odporu. Odpor má za cíl mařit ďábelské plány doktora Genose a dostat se ke zbylým orbům dříve než nepřítel.

Berserk Boy je v pixel-artu ztvárněná 2D plošinovka, která svou inspiraci čerpá především ze slavné série Mega Man. Přesně v jejím duchu hráči postupují řadou platformingových výzev, soubojů s nepřáteli a střetů s nebezpečnými bossy. Po porážce bossů získává titulní Berserk Boy nové schopnosti, s nimiž může dát účinněji na budku robotickým protivníkům a lépe překonávat řadu nástrah stojícím mu v cestě. Hrdina začíná s dovednostmi točícími se kolem elektřiny, od svých nepřátel získává další elementární orby (např. ohnivé nebo ledové) propůjčující další set dovedností, s nimiž může i navštěvovat již prošlé úrovně a dostat se na předtím zapovězená místa.