Příběh hry Ato je zasazen do feudálního Japonska a je vyprávěn beze slov. Pojednává o kočičím válečníkovi, který pověsil své řemeslo na hřebík a nyní žije v míru se svou ženou a dítětem. Jeho poklidný život je však narušen vpádem lapků a unesením malého potomka, což vysloužilého bojovníka donutí ještě jednou popadnout katanu a vyrazit do světa.

Jedná se o pixelartovou metroidvanii, v níž hráči prozkoumávají barevný 2D svět inspirovaný japonskými reáliemi, čelí platformingovým výzvám a vylepšují svou postavu skrz nové pohybové schopnosti, které umožní dosáhnout na dříve nedostupné oblasti na mapě a pomohou v soubojích. Ve hře se nevyskytují obyčejní řádoví nepřátele a tak každý souboj je osobní duel na život a na smrt s unikátním nepřítelem, v němž je třeba odpozorovat protivníkovy manévry, správně uhýbat a dostat se nepříteli na kobylku s využitím bojového umění protagonisty.