Příběh je zasazen na temnou planetu Neplea, v jejíž středu se ukrývá podivná Entita. Místní obyvatele se ji snažili studovat, avšak neúspěšně. Entita zbudovala armádu nájezdníků, která vyhnala obyvatelstvo z domovů, na planetu se tudíž vydává vesmírný dobrodruh Astronite. Místo přistání však se svou lodí havaruje a bez možnosti komunikace s vnějším světem se vydává do nitra planety vstříc nebezpečí.

Astronite je tradiční metroidvania vyvedená v monochromatickém retro zpracování s využitím jen černé a bílé barvy. Hratelnost se dělí na skákací pasáže přes četné smrtící překážky, kde nechybí tradiční bodáky, propasti i kotoučové pily, přestřelky s nepřátelskými roboty včetně bossů a průzkum mapy ve snaze najít ukrytá vylepšení a power-upy pro postavu. Ruku v ruce s upgrady se zpřístupňují nové lokace a zvyšují se šance na přežití v nehostinném teritoriu.