Od posledního útoku monster zvaných Magna uplynulo už 50 let. Lidstvo se vzpamatovalo a vrátilo k normálnímu životu. Sledujeme mladíka Reie Yagami, jehož obyčejný školní den se mění v noční můru. Monstra znovu útočí, Rei v sobě probouzí sílu apoštola a daří se mu masakr se svou kamarádkou Akari přežít. Po incidentu je naverbován do skupiny Exodus, zabývající se bojem proti Magna monstrům.

Apostle je erotické sci-fi jRPG. Rei se navrací do školního režimu a zároveň musí plnit povinnosti v Exodu. Když zrovna neprozkoumává dimenze s monstry, může se volně pohybovat po okolí, mluvit s NPC, plnit dobrovolné úkoly a navazovat vztahy s hlavními protagonistkami. Z boku viděné boje probíhají tahově a většinou ovládáte čtyřčlenný oddíl, navolíte svoje akce a následně sledujete provedení. Postavy sílí se získanými úrovněmi a každá má vlastní strom dovedností.