Stejně jako v PC verzi Anno 1701, je i v handheldové variantě pro Nintendo DS úkolem hráče budování kolonií, obchodních vztahů a rozšiřování dobývaných území neobjeveného světa 18. století. Svět sestávající z řady menších i větších ostrovů, které jsou obydleny pouze domorodým obyvatelstvem a čekají, až vaše lodě zakotví u jejich břehů, je přizpůsoben handheldům DS a dovoluje využít schopností dotykové obrazovky. Proti původní verzi je hra omezena na to nejnutnější a nabídne tak pouze ořezané funkce a možnosti produkce i dobývání surovin, základní stavby nebo nejnutnější vojenské jednotky.

Příběhová kampaň obsahuje 15 dostatečně rozsáhlých misí. K dispozici je dále i nekonečná hra a multiplayer až pro čtyři hráče současně.