Anima Flux je sci-fi 2D plošinovka s komiksovou stylizací odehrávající se v útrobách jediné generační lodi ve vesmíru ještě obývané lidmi. Světu uvnitř archy vládne totalitní režim, který musí zareagovat na nenadálou invazi hmyzoidních mutantů a proto povolá dva své nejlepší geneticky upravené bojovníky. Dvojice má za úkol eliminovat hrozbu a během toho poznává pravdu o sobě a o světě, jež musí zachránit.

Hra je zaměřena na spolupráci dvou postav. Jedna z nich je bojovník s obří čepelí útočící na blízko a druhá je lukostřelkyně zasypávající své protivníky energetickými šípy. Titul tak lze hrát sólo, kde si hráč přepíná mezi hrdiny a druhého řídí umělá inteligence, nebo v kooperaci s dalším hráčem skrze lokální multiplayer. Svou strukturou se jedná o metroidvanii, takže hráči prozkoumávají město uvnitř lodi, získávají nové schopnosti či vylepšení a čelí platformingovým výzvám a vlnám agresivních nepřátel nebo obřím bossům.