V hre Amphora odhaľujete príbeh dievčaťa vo zvláštnom svete, ktorý je zložený z rôznych a prepletených výjavov. Tieto výjavy spoločne vytvárajú herný príbeh. Ich význam však musíte objaviť sami, keďže Amphora nekomunikuje verbálne.

Vy ako hráč ste vlastne duchom v nádobe, nazývanej Amphora. Duch sa stará o osud dievčaťa, ktoré postupne zažíva rôzne veci. V každej hernej obrazovke musíte ako duch nádoby vyriešiť nejakú fyzikálnu hádanku, ktorá sa tam nachádza. Môžete však priamo ovplyvňovať iba tie veci, ktoré sú blízko Amphory, teda vo vašom priamom dosahu. Keďže však hra neobsahuje žiadne dialógy ani iné texty, častokrát je ťažšie zistiť, čo je potrebné urobiť, než ako to urobiť.