Náš vesmír je rozdělen na dvě dimenze, zvané Vnitřní a Vnější vesmír. Na Vnitřní vesmír dohlíží takzvaní „Creators“, kteří stvořili několik Zemí a jejich obyvatelstvo, které je předurčeno k dokonalému životu v míru, ale ne vždy se téhle cesty drží. Pokud se Creators zdá, že se lidstvo odklání od svého cíle, mohou ho vyhladit a vytvořit novou Zemi včetně nových lidí. Na Zemi-4 po tvrdém přistání vnikne dívka z Vnějšího vesmíru s cílem získat informace o lidské rase, ale Země-4 je jen ruinami pokrytá pustina bez známek lidské přítomnosti. Z obydlené Země-5 je agent Isa Jo vyslán onu dívku zlikvidovat, jelikož představuje nebezpečnou hrozbu. Je to ale pravda?

Successor of the Skies se odehrává mnoho let po událostech z prvního dílu, Sin and Punishment. Opět se jedná o rail shooter hru, která je tentokrát plně přizpůsobena kromě gamepadu i pro pohybové ovládání konzole Wii včetně Wii Zapperu. Hráč se vžije do role obou zmíněných postav, které mají odlišné speciální schopnosti a hra za každého z nich se tudíž liší. Na hru je nahlíženo klasicky z third person pohledu a hráč má možnost pohybu do všech stran.