Izometrické verze hry FIFA 06. Podobně, jak tomu bylo do vydání FIFA 97. Přestože je hra plně licencovaná (licence FIFPro), nemá tak rozsáhlé množství týmů a hráčů, jaké nabízejí konzolové verze. K dispozici jsou pouze národní týmy a chybí ligy s konkrétními kluby.
Hra obsahuje tyto herní režimy: Tutorial, Quick Match, Friendly, Cup, Scenario a Shoot Out. Nový režim Scenario (Scénář) nabízí specifické úkoly na konci sezóny, jako je například skončit první v lize, skončit nad červenou čarou, aby si fanoušci zachovali věrnost nebo zachránit tým před sestupem.
Před každým zápasem si můžete určit sestavu, rozestavení a strategii. Během hry můžete zavádět střídání nebo si prohlížet statistiky. Při hře lze hráče ovládat v osmi směrech a k dispozici jsou tlačítka pro přihrávku, změnu aktivního hráče, napadání a střelbu. Doba, po kterou tlačítko držíte stisknuté, určuje sílu, délku a typ střely. To umožňuje specifické pohyby, jako jsou výpady, křižné přihrávky, hlavičky, průnikové přihrávky a odkopy.